哈达玛尔方差是三个连续频率测量值的变化量平方。这些测量值是相邻时钟周期之间的分数频率偏差值，M是样本大小。哈达玛尔方差在白相位调制、闪烁相位调制、白频率调制、闪烁频率调制、随机频率、闪烁频率调制和随机运行频率调制中收敛。它不受线性频率漂移的影响，非常适合分析铯振荡器。哈达玛尔方差的公式如下，其中y代表三个连续时钟周期之间的分数频率偏差值，M是样本大小。